La Junta electoral de la Universidad está regulada en el artículo 240 de los Estatutos de la Universidad. Con el fin de supervisar y resolver las incidencias que puedan producirse en los distintos procesos electorales, el Consejo de Gobierno nombrará, para un período de cuatro años, una Junta Electoral de Universidad que ejercerá sus funciones como instancia única en las elecciones de representantes en el Claustro universitario y en la de Rector, y como segunda instancia de apelación en el resto de los procesos electorales.

La Junta Electoral de Universidad estará presidida por el Secretario General e integrada por un representante de cada cuerpo electoral. La condición de candidato a un órgano unipersonal será incompatible con la de miembro de la Junta o de una Comisión Electoral.