Debido a las necesidades administrativas se produjeron diferentes reformas a partir de mediados del siglo XIX. Así, se modificó la antigua fachada del núcleo gótico, al adelantar el muro de entrada, hasta alinearlo con la capilla y el general de Cánones. De este modo se suprimió el atrio y se ocultó parte de la antigua portada gótica. En la modesta fachada resultante se colocó el escudo real bajo el que aparecía la fecha de 1844. La superficie que se generó en la planta alta se aprovechó para instalar dependencias de Secretaría. Veinte años más tarde, Manuel Caballero de Orduña y Epifanio Martínez de Velasco diseñaron una digna homogeneización de la planta superior del patio dieciochesco, con unas arquerías de medio punto entre pilastras jónicas de marcado aspecto clasicista, pero a este plan tampoco le cupo la fortuna de ser realizado.

En 1858 fue elevada una torre destinada a contener el reloj de la Universidad, un instrumento tan importante para regular el ritmo del funcionamiento universitario. Aunque la institución ya había poseído uno desde el siglo XVI, sustituido al menos por otro a fines del XVIII, parece que, entrado el siglo XIX era el de la cercana catedral quien marcaba con sus sones la vida académica. La caída de la torre que lo contenía en 1841 motivó que la Universidad recuperara el suyo. Tras su instalación en un sencillo torreón construido en 1841 junto a la capilla, una nueva maquinaria se montó en 1859 en una torre que se había levantado el año anterior entre los dos patios. Su ubicación y las dos esferas que poseía permitían que fuera visto y oído desde todo el recinto universitario.

En 1895 surgieron las primeras señales de alarma en cuanto a la conservación del edificio histórico. El patio gótico se encontraba en muy mal estado. Antonio Bermejo propuso una irrespetuosa reconstrucción, que fue rechazada por el claustro universitario. En 1898 el arquitecto se avino a intervenir de forma más cuidada, pero desmontó gran parte de las arquerías, cerró éstas con carpintería de madera y aprovechó el pozo sumidero para proporcionar una solución de dudoso gusto a las necesidades higiénicas de la comunidad universitaria.

Mientras tanto, la expansión de la Universidad por las superficies colindantes no cesaba. En 1899 la Universidad recuperó la totalidad de la casa situada junto a la capilla, hacia la Plaza de Santa Cruz, que había sido usada durante los siglos XVI y XVII como vivienda de algunos cargos académicos y profesores. Perdida su propiedad en 1715, se consiguió mantener parte de su planta baja para usarla como panera, primero y como sacristía, después. En esta casa se instalaron el Rectorado, la Secretaría y el Archivo, y se pensó trasladar allí algunas aulas de la Facultad de Ciencias.

María José Redondo Cantera. Texto extractado de "El edificio histórico de la Universidad de Valladolid y sus transformaciones".