El zaguán cubre con una bóveda de crucería sencilla, cuyos nervios apoyan en los ángulos en ménsulas con ángeles portablasones, con las armas del fundador, atribuidos a Alejo de Vahía. Al lado derecho, está la portada de la capilla, en arco apuntado. Se conservan las magníficas puertas de madera decoradas con tracerías flamígeras. Sobre la portada que da paso al patio está la lápida dedicatoria entre pilastras, con labores vegetales avolutadas, en la que se lee "PETRVS. DEME/ NDOÇA. CARDI/ NALIS. HISPAN/ IE. MCCCCXCI!".

El Patio tiene también un esquema de proporciones matemáticas. Es de tres pisos, con siete arcadas de medio punto peraltado por lado, apoyadas en pilares octogonales. El segundo piso conserva los antepechos ornamentados a la gótica, mientras que el tercero lleva balaustres de formas arriñonadas, del siglo XVIII. Los frentes llevan cruces potenciadas, escudos alternantes del Cardenal, Mendoza y Figueroa. En los ángulos aparecen cuatro ángeles portablasones, son del citado Alejo de Vahía. En el piso bajo aún se conservan en mal estado las armaduras de madera con casetones rectangulares, en los que pueden verse algunos restos de la decoración primitiva.

En el lado derecho del piso bajo se halla la capilla, reformada en época neoclásica, cubierta con bóveda vaída. Se venera en la misma el Cristo de la Luz, obra maestra de Gregorio Fernández de su última etapa entre 1631 y 1636. En la sacristía, cubierta con crucería, hay una cajonería que aprovecha elementos del siglo XVI.

Al otro lado de esta crujía, una portada de medio punto en desviaje nos lleva al Aula de Grados, el Aula Triste, solemne salón de dos tramos, cubierto con dos bóvedas de crucería, con las características ménsulas de ángeles protablasones, también de Alejo de Vahía. Hoy tiene una sillería con estrado y cátedra de tiempos de Isabel II. En el ala del mediodía, la sala de exposiciones aprovecha dos espaciosas estancias, cubiertas con bellos artesonados renacentistas. En el cuerpo este, se situaban las cocinas que fueron transformadas en vivienda del rector en las reformas dieciochescas. Presenta hacia el patio una solemne portada neoclásica. Hoy es Sala de Juntas. Por sencilla portada de arco carpanel con conopio se pasa al zaguán que comunicaba con la huerta, el cual se cubre con sencilla bóveda de crucería. En el ala norte se encuentra el llamado Salón de Rectores.

La escalera principal se sitúa en el ángulo N. E. Es obra neoclásica de tipo claustral, a la que se entra por una portada de muy bello trazado dórico. Se cubre con una bóveda con lunetos. En el primer descanso, una sencilla portada adintelada comunica con una espaciosa sala iluminada en donde se está instalando el Museo Universitario. El zócalo es de azulejería de Talavera, posterior a la Guerra Civil.

En el segundo piso, están instalados el Rectorado y varios Vicerrectorados de la Universidad. Doce pequeñas portadas dan paso a las cámaras de los colegiales, del capellán y auxiliares. En este piso se hallaba un refectorio de invierno, edificado en el siglo XVI por el Rector Sebastián Ramírez de Villarreal, quien había ingresado como Colegial en 1506.

Lo más interesante de esta planta es la Biblioteca, que ocupa todo el ala Oeste. La gran sala se cubre actualmente con bóveda de cañón rebajado con lunetos, aunque originalmente tuvo una cubrición de madera. La puerta de acceso a ésta desde el patio es renacentista, de medio punto peraltado, con clípeos con la cruz de Jerusalén en las enjutas. y fina decoración a candelieri. En el friso hay palmetas entrelazadas. Unas bellas puertas de nogal llevan labores de tracerías mixtilíneas, San Agustín y Santo Tomás y el Ave Fénix, también entre tallos a candelieri. Una filacteria indica "APUD DEUM VERBUM ERAT", frase tomada del comienzo del Evangelio de San Juan. Un cancel barroco con cruces rodeadas por motivos vegetales a trépano son del mismo autor que el de la librería de la biblioteca, contratada el 28 de julio de 1705 por Alonso de Manzano, magnífica obra barroca de dos cuerpos, separados por un andén con barandilla de hierro. Finas columnillas salomónicas se adosan a pilastras. La decoración es de tarjetillas doradas con inscripciones para identificar las materias a las que estaban destinadas las calles originalmente.

También hay escudos del Cardenal, que alternan con los de Mendoza y Figueroa. Sobre la puerta del Despacho, un escudo se rodea por un marco con ángeles entre hojarasca. En el lado menor opuesto, se halla el teatral retrato pintado del Cardenal a caballo del pintor vallisoletano Manuel Peti Vander. En cuanto a la colección bibliográfica es de una gran riqueza, con documentos relativos a la fundación del Colegio, manuscritos, libros incunables e impresos, muchos de ellos con espléndidos grabados. Aunque la joya indudable de la biblioteca es el Beato de Valcabado del monje Oveco, mozárabe del 970 con unas espléndidas miniaturas.

Por una escalera de ida y vuelta se accede a la tercera planta, que estuvo destinada a cámaras de los colegiales, ocupado ahora por Vicerrectorados y otras dependencias universitarias. El forjado de hierro de los techos indica una reforma moderna. El muro oeste es ciego, pues está ocupado por la segunda altura de la Biblioteca. Por sencilla escalera en el ángulo S. O. se accede al desván situado sobre la Biblioteca, que ocupa todo el espacio sobreelevado de la fachada principal.

Texto de Jesús María Parrado del Olmo.