El RD 99/2011 de 28 de enero, en su Disposición Transitoria Primera, punto 2, establece que quienes a la entrada en vigor del citado real decreto se encuentren cursando estudios de doctorado disponenen de 5 años para la presentación y defensa de la tesis doctoral y que transcurrido dicho plazo sin que se haya producido la defensa, el doctorando causará baja definitiva en el programa.
Por consiguiente esta disposición afectaría a los alumnos de programas de doctorado regulados por los siguientes reales decretos: RD 778/1998; RD 56/2005 y RD 1393/2007.
La Comisión de Doctorado, en su reunión de 13 de enero de 2012, ha aprobado la adaptación del calendario académico de extinción de los estudios de doctorado regulados por el RD 778/1998 y el establecimiento de los calendarios de las enseñanzas de doctorado reguladas por los reales decretos restantes.

Aquellos doctorandos que hayan cursado los estudios de doctorado según el RD 185/1985, tengan reconocida la suficiencia investigadora y aprobado el proyecto de tesis doctoral, deberán igualmente defender la tesis doctoral antes del 10 de febrero de 2016.