La sección de Incunables y Raros de la Biblioteca de Santa Cruz está compuesta por 355 volúmenes, de los cuales 181 son incunables. Entre estos destacan una obra de Bernardo Justiniano, impresa en Roma en 1471 y que es el libro impreso más antiguo de la biblioteca. Existe también un ejemplar del Calendario Regiomontano, editado en Venecia en 1476, primera obra en la que aparece portada y el Fascículus temporum de Werner Rolewinck de Laer, primer libro con grabados impreso en España, concretamente en Sevilla, en 1480.