Consta de 521 manuscritos, entre los cuales destaca como pieza mas antigua y valiosa de Los Comentarios al Apocalipsis de San Juan, de Beato de Liébana , manuscrito mozárabe escrito en pergamino, de letra visigótica, fechado en el año 970, que contiene 87 miniaturas a todo color y en magnífico estado de conservación.

La temática de la que tratan los manuscritos es muy variada y ofrecen los diversos aspectos del saber de cada época. Existe desde una Biblia hebrea hasta clásicos como los Orationes de Cicerón y el Cronicón de Eusebio de Cesarea , pasando por temas de historia y derecho como un ejemplar del Becerro de las Behetrias del año 1352.

En esta sección hay que incluir otro fondo formado por los Papeles pertenecientes al Colegio Mayor de Santa Cuz de Valladolid, que es un inventario realizado por D. Saturnino Rivera Manesian y que se encuentra incluido dentro de los catálogos de la Biblioteca Universitaria y provincial (Santa Cruz) de Valladolid, publicado en 1918.

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